OYAK'ın en geniş katılımlı organıdır. Temsilciler Kurulu, sayıları 50'den az 100'den fazla olmamak üzere, Milli Savunma Bakanlığı koordinasyonunda, daimi üye sayısı dikkate alınarak birlik ve kuruluşlarda görevli daimi üyeler arasından, birlik ve kuruluşların komutan veya amirlerince tespit edilen temsilcilerden oluşmaktadır. Temsilciler Kurulu, her üç yılda bir geçmiş üç yılın mali hesaplarını incelemekte ve 20 asil, 10 yedek Genel Kurul üyesini seçmektedir.

Genel Kurul, yıllık olağan toplantılarında, OYAK'ın yıllık çalışmalarını değerlendirerek, faaliyet raporlarını, bilanço ve kar zarar hesaplarını görüşür. Kurul, çeşitli konularda önerilerde bulunarak kararlar da almaktadır.

Gerek görülmesi halinde Genel Kurul olağanüstü olarak da toplanabilmektedir.

Genel Kurul, 20 üyesi Temsilciler Kurulu’nca seçilen, diğer Yasal Üyeleri 205 sayılı OYAK Kanunu’nda belirtilen makam ve görevlerde yer alan kişilerden oluşmaktadır.

OYAK'ın yönetiminden sorumlu kuruldur. Görev süresi 3 yıldır. Üyelerinden 3’ünü Genel Kurul, 4’ünü de Kanun’da belirtilen komisyon seçmektedir. Genel Müdür, Yönetim Kurulu'nun doğal üyesidir ve kararlarda oy sahibidir.

3 kişiden oluşan Denetleme Kurulu’nun bir üyesi Genel Kurul, bir üyesi Sayıştay Başkanı, bir üyesi de Türkiye Bankalar Birliği İdari Heyeti Başkanı tarafından seçilmektedir. Kurulun görev süresi 3 yıldır.

Genel Müdürlük, Kurum faaliyetlerinin OYAK stratejileri ve politikaları kapsamında sevk ve idaresini yürütmektedir. OYAK’ın Genel Müdürlük yapılanması, Genel Müdür ve ihtiyaca göre belirlenen sayıda Genel Müdür Yardımcısından oluşmaktadır.